讲述了海马集团主办的决斗都是大赛中胜出的游戏等人转战人工岛，为半决赛的分组而展开混战。半决赛第一场由马利克对决城之内，马利克设下”黑暗游戏“。城之内虽顽强抗争，终不支倒地。

游戏的历史，可以追溯到5千年以前，也就是古代埃及时期。古老的游戏，足以演示人类以及法老王的到来，也是一种可以决定命运的魔法仪式。当时的游戏被称为神秘黑暗游戏。现在，有名少年揭开了“千年积木”，并却继承了黑暗游戏。这个拥有光明与黑暗这两颗心的少年，人民都称他为“游戏王”。 害羞又內向的中学生武藤游戏，是个常被人欺负的男生，但当他解开了“千年积木”之后，就继承了黑暗力量，惩罚邪恶，成为了正义的看守人。